穗期病株雌穗短小，基部大而顶端小，不吐花丝，除苞叶外整个果穗变成一个大黑粉苞。苞叶通常不易破裂，黑粉不外漏，后期有些苞叶破裂散出黑粉（病菌冬孢子）。黑粉一般黏结成块，不易飞散，内部夹杂丝状寄主维管束组织。丝状物在黑粉飞散后才显露，故称丝黑穗病。雄穗受害多数仍保持原来的穗形，仅个别小穗变成黑粉苞；也有以主梗为基础膨大成黑粉苞，外包白膜，当膜破裂后，才露出黑粉，黑粉常黏结成块，不易分散。