幼叶被害，先在叶片正面产生橘黄色小斑点，后逐渐扩大为近圆形橙黄色病斑，周围有黄色晕圈。随着病斑的扩大，病斑中央产生蜜黄色至红色微突的小粒点，即病原菌的性孢子器，潮湿时溢出淡黄色黏液，即性孢子。黏液干燥后黄色小粒点变为黑色。随后，病组织肥厚变硬，并在叶片背面发病部位长出几根至几十根灰白色或淡黄色的细管状物，即病原菌的锈孢子器，内有大量褐色锈孢子，成熟后从顶端开裂处散出。发病严重时，病叶干枯，早期脱落。幼果被害，初期症状与叶片相似，后期病部长出锈孢子器，病斑组织坚硬，生长停滞，发病严重时果  实畸形并早期脱落。叶柄、果柄受害，病部橙黄色，并膨大隆起成纺锤形，病斑上也产生性子器和锈子器。新梢受害后的症状与叶柄、果柄相似，但后期病部凹陷并易折断。苹果锈病的诊断要点可概括为“病部橙黄、肥厚肿胀、初生红点渐变黑、后长黄毛细又长”。 苹果锈病菌为转主寄生菌，转主寄主为桧柏、龙柏、欧洲刺柏等。苹果锈病菌侵染转主寄主后，在针叶、叶腋或小枝上产生淡黄色斑点，病部于秋季黄化隆起，翌春形成球形或近球形瘤状菌瘿，菌瘿继续发育，破裂后长出红褐色的冬孢子角。冬孢子角遇雨吸水后，呈黄褐色，舌状，细长，末端尖细。