棉花褐斑病主要为害子叶和真叶。子叶发病，初在子叶边缘或其他部位出现针尖大小的紫色小点，后扩大成中间褐色、边缘紫色的圆形至不规则形病斑，病斑稍隆起。天气潮湿，病斑迅速发展，多个病斑可相互融合形成不规则形大斑，中间散生黑色小粒点，即病菌的分生孢子器。病斑中心质脆，易破碎穿孔，严重者子叶脱落。真叶发病，初生针尖大小的紫色小点，后扩大成黄褐至灰褐色边缘紫红色的圆形病斑。