辣椒枯萎病发生时，与地面接触的茎基部皮层呈水浸状腐烂，地上部茎叶迅速凋萎。叶片自下而上逐渐变黄，大量脱落。有时病情只在茎的一侧发展，形成条状坏死区，后期全株枯死。地下根系呈水浸状软腐，皮层极易剥落，从茎基部纵剖，可见维管束变为褐色。在湿度大的条件下，病部常产生白色或蓝绿色的霉状物。